抚远市交通运输局设八个内设机构：

（一）办公室

负责文电、会务、机要、信息、档案等机关日常运转工作；承担综合性报告、文件起草和政务公开、保密、信访、外事等工作；负责资产管理、联络接待、综合协调、督察督办和重点工作目标管理等工作；负责机关及直属单位的党群工作；负责干部人事和劳动保护工作；指导交通运输行业人才队伍建设工作。

（二）政策法规科

指导交通行业体制改革；负责起草有关交通运输行政管理的地方性规范性文件；承担规范性文件的合法性审核工作；承办相关行政执法、行政复议、行政应诉和调解工作；组织开展政策研究；承担新闻宣传工作；指导交通行业法制和精神文明建设工作；指导行业节能减排工作；负责行业社团组织管理。

（三）综合规划科

组织编制综合运输体系规划和组织起草相关行业发展战略和规划；承担有关规划和建设项目的前期立项审查及后期评价工作；承担有关环境保护、统计、调查、信息工作；承担公路、水路对外合作有关工作。

（四）财务审计科

组织制定交通行业财务会计规章制度；承担财务管理、会计核算、专项资金管理、预决算、信贷等有关工作；指导监督局直属单位和交通系统财务工作和国有资产保值增值工作；负责直属单位经费使用的监督和内部审计。

（五）科技教育科

拟订公路、水路行业科技、教育、信息化相关政策、中长期发展规划和年度计划并监督实施；组织有关重大科技项目研究、推广应用；承担开展交通对外科技合作与交流；承担有关标准、质量和计量工作；承担涉及综合运输体系的标准协调工作；承担交通行业信息化建设和信息资源开发利用管理工作。

（六）建设管理科

拟订全县交通基础设施建设相关政策、制度和技术标准并监督实施；指导交通基础设施建设和维护；承担交通基础设施建设市场管理；参与审查交通重点工程可行性研究报告；承担交通重点工程施工图设计、变更设计和规定权限内的初步设计审批；承担交通重点工程、大修工程建设监督管理、工程招标、施工许可、工程质量监督检查、工程造价和规定权限内的竣工验收工作；承担工程技术咨询、交流、引进推广工作。

（七）安全监督科

拟订公路、水路安全生产政策和应急预案并监督实施；指导有关安全生产和突发应急处置体系建设；承担公路、水路运输企业安全生产监督管理工作；组织协调重点物资运输和紧急客货运输；依法组织或参与有关事故调查处理工作。

（八）交通战备办

组织拟定国防、边防公路、水路的中、长期发展规划和年度计划；承担战备公路、水路建设和维护组织实施工作；承担公路、水路交通战备物资的储备、调拨等工作；承担军地沟通协调、国防动员等有关工作。