水产局内设三个职能股：
（一）办公室
1、负责全局政务政务综合、保卫、保密、信访、后勤、行政管理等工作并协调各股工作。
2、负责人事、劳资、文秘、共青团、妇联、工会、计划生育等工作，负责水产局级直属单位的思想建设，组织建设，纪律检查和行政监督工作，负责所属各单位领导班子建设，指导水产行业建设文明建设，负责水产系统退休干部管理工作。
3、负责本单位财务收支计划的制定，监督直属单位国有资产保值和财务审计工作，组织协调水产行业建设项目的论证、申报生产建设资金，指导本行业的财务审计工作，负责全市水产行业的统计报表工作。
（二）渔政、渔港监督股
贯彻执行国家有关法律法规，参加制定全市地方性渔业法规和具体管理办法，执行渔业许可证制定，检查保护全市渔业资源，参与处理涉外渔业纠纷，监督检查全市渔业生态和水生野生动物保护工作，参与处理渔业水域污染事故。监督负责全市渔业船舶和渔业船只、船员的登记、考核、发证、组织检查船舶水上交通安全，渔业船舶检验工作。
（三）渔业生产股
组织渔业生产，安排渔业生产网点滩地，保证全市两季渔期生产正常进行，协调生产技术推广。