抚远市地处沉降的三江低冲积平原东部，地势低洼，常有洪涝灾害发生，西部略高于东部。地貌分低山地、漫平原、低平原、洪泛地四种类型。平原区海拔约在37-60米之间，山地最高峰为海拔279.1米的两夹山。抚远境内河、湖、泡、沼泽遍布，总水面达463099亩（直辖范围401293亩）。较大河流有抚远水道、浓江河、鸭绿江、别拉洪河。国境河流为黑龙江和乌苏里江。

抚远属于大陆性季风气候。夏季短而炎热，冬季长而严寒，春季多风，夏季多雨。年平均降水600毫米左右，最多年份达949毫米。夏季初日最早在1时58分，落日最晚在20时5分。年平均日照2304小时。无霜期在115-130天之间，初霜期一般在9月下旬，终霜期在来年5月上旬。平均气温2.2℃，历年平均积温2381℃。抚远地区冻结期长，每年11月上旬稳定结冻，翌年3月末开始解冻。冻土层达212厘米。

抚远土地辽阔，自然资源富饶，有可利用水面26752.86公顷，优良捕鱼滩地60余个；有可恳荒原100多万亩，以开垦耕地338470亩，草原2733419亩，林地723919亩。有丰富的野生动物、植物资源和黄金、花岗岩、草炭等矿物资源，其中黑云母花岗岩储量约1亿立方米，草炭储量约49030667立方米。

抚远生态资源保存完好，是世界上仅存的三大黑土带之一，土质肥沃，人均耕地面积达到50亩。抚远以盛产鲟鱼、鳇鱼、大马哈鱼、“三花五罗”等名优特鱼而闻名遐迩，是“中国鲟鳇鱼之乡”、“中国大马哈鱼之乡”，品种有21科105种。抚远是国家级生态示范区，生态环境优美，绿色覆盖面积在70%以上。中国最大湿地--三江湿地，位于抚远县境内，湿地面积300万公顷，已被列入国际重要湿地名录。旅游资源丰富，“华夏东极”、“淡水鱼都”、黑瞎子岛、三江湿地、界江风光等旅游名片享誉海内外。